A nivel individual, los animales híbridos a veces tienen problemas reproductivos, de salud o de comportamiento debido a su genética. Ecológicamente, los híbridos desdibujan las líneas de especies y plantean problemas para la conservación.
Un híbrido es la descendencia de padres de dos especies o subespecies distintas. Muchas especies, debido a diferencias genéticas o de comportamiento, no pueden o no pueden cruzarse para producir descendencia viable. Sin embargo, en algunos casos, dos especies son genéticamente similares para crear descendientes híbridos. Algunos híbridos, como las mulas, son estériles. Las mulas resultan de un cruce entre un caballo hembra y un burro macho. Si bien la mula en sí misma puede llegar a una edad adulta saludable, por lo general es incapaz de producir gametos propios y no se reproduce.
Un liger es un híbrido entre un tigre hembra y un león macho, y con frecuencia es más grande que cualquiera de sus padres. Los ligadores son propensos a problemas de salud y defectos de nacimiento, y muchos no sobreviven hasta la edad adulta. También es difícil para el tigre dar a luz a sus cachorros híbridos; su gran tamaño puede requerir una cesárea para la madre.
Los animales híbridos también pueden exhibir un comportamiento impredecible. Un ejemplo famoso es el híbrido de lobo, que es un cruce entre un perro doméstico y un lobo. Se han escrito pocos artículos revisados por pares sobre el tema del comportamiento híbrido del lobo, y los animales están rodeados de una gran controversia. Algunos propietarios afirman que sus híbridos son animales suaves y tímidos, mientras que otras anécdotas apuntan a que los híbridos de lobo son impredecibles y peligrosamente agresivos. Algunos de los problemas surgen del hecho de que los perros han sido domesticados por 15,000 a 30,000 años y, en ese tiempo, se han criado selectivamente para patrones de comportamiento específicos que son beneficiosos para los dueños. La genética conflictiva de una cruz de perro lobo conduce a la imprevisibilidad. Los híbridos Wolf también pueden ver a sus dueños como su manada, y se debe tener cuidado por parte del dueño para afirmarse como el miembro dominante de la manada.
Un problema a mayor escala de la hibridación proviene de híbridos silvestres. Algunas especies de aves acuáticas silvestres, por ejemplo, pueden cruzarse fácilmente con contrapartes domésticas. Esto puede enturbiar las aguas genéticas de una especie, en algunos casos en la medida en que una especie está en peligro de extinción a través de la hibridación. Este problema no se limita de ninguna manera a las aves acuáticas. El gato montés escocés está en peligro de extinción debido a la hibridación con gatos domésticos salvajes.
