La temperatura, el nivel de pH y las concentraciones de enzima y sustrato afectan la funcionalidad de la enzima. Los inhibidores químicos también pueden afectar la función de las enzimas y reducir su efectividad.
La temperatura afecta la energía cinética de cualquier molécula dada. Las temperaturas más cálidas proporcionan más energía cinética, lo que aumenta las posibilidades de colisiones moleculares exitosas. Por encima de una temperatura óptima, la estructura de la enzima comienza a descomponerse cuando se rompen los enlaces moleculares y se reduce el potencial de actividad catalítica.
Al igual que la temperatura, también hay un nivel de pH óptimo para la funcionalidad de la enzima. Los cambios en los niveles de pH pueden hacer o romper enlaces moleculares, cambiando la forma de las enzimas e impactando directamente la efectividad de la enzima.
La velocidad de las reacciones catalizadas por las enzimas depende de las concentraciones de enzima y sustrato. La velocidad de la reacción aumenta a medida que aumenta la concentración de cualquiera de los dos. La tasa de aumento crece hasta que el sitio activo se satura con el sustrato. Si la concentración del sustrato es alta y la temperatura y el pH se mantienen en un nivel constante, la velocidad de reacción es directamente proporcional a la concentración de la enzima.
Las sustancias químicas llamadas inhibidores pueden reducir o incluso detener la actividad catalítica de la enzima. Los inhibidores activos dirigidos al sitio ocupan el sitio activo y compiten con el sustrato para el sitio activo. Otros inhibidores, llamados inhibidores no activos dirigidos al sitio, se adhieren a la estructura de la enzima y distorsionan su forma.