Debido a que no tienen aberturas separadas para la reproducción y la excreción, la abertura del intestino posterior en los sistemas excretores de los tiburones se llama cloaca en lugar de ano. En los sistemas digestivos de los tiburones, la comida pasa a través de un solo intestino corto y luego es expulsada a través de la cloaca.
En los tiburones, la comida pasa primero por el esófago, donde las extensiones con forma de dedos evitan que la comida se escape. Los estómagos de los tiburones tienen forma de J y tienen aproximadamente el 20 por ciento de su longitud. Las paredes musculares del estómago tienen células que producen ácido clorhídrico que suaviza y disuelve los huesos y el moco para proteger el revestimiento del estómago. Los anillos de músculo en las paredes del estómago realizan una peristalsis para mezclar y descomponer la comida. El intestino es el sitio de absorción de nutrientes. En los humanos, los intestinos cortos y largos combinados miden aproximadamente 28 pies de largo, mientras que el intestino de un tiburón solo tiene un pie de largo, pero es mucho más ancho. El intestino de un tiburón trabaja muy lentamente para digerir los alimentos. Los seres humanos pueden anular la comida solo 4 horas después de comer, pero en los tiburones, el proceso puede tomar de 16 a 17 horas.
Otro método que usa un tiburón para vaciar los desechos es voltear su estómago de adentro hacia afuera. Cuando tiene materia no digerible en su estómago, expulsa su estómago de adentro hacia afuera a través de su boca, enjuaga el estómago con agua de mar y lo retrae a su posición normal.