La estructura unida a la membrana que contiene enzimas digestivas es el lisosoma. Los lisosomas contienen enzimas que descomponen las macromoléculas orgánicas como los carbohidratos, las grasas y las proteínas. Todas las células animales contienen lisosomas, pero están más presentes en las células del sistema inmunológico, como los glóbulos blancos.
Alrededor de 40 enzimas digestivas diferentes residen dentro de un lisosoma. Estas enzimas son producidas por orgánulos llamados ribosomas que se unen al retículo endoplásmico y se colocan en paquetes por los cuerpos de Golgi. El interior o matriz de un lisosoma tiene un pH ácido de aproximadamente 4.8, que es el ambiente óptimo para las enzimas. Fuera del lisosoma, estas enzimas se vuelven inofensivas porque el pH no es ácido y no admite el funcionamiento normal de las enzimas lisosomales.