Los mejillones son filtradores que filtran la vida acuática microscópica, como el plancton, del agua que los rodea. Las larvas de algunas especies de mejillones son temporalmente parasitarias.
Los mejillones son bivalvos, como las almejas y las ostras, que viven en hábitats de agua salada y de agua dulce. Un mejillón se alimenta filtrando el agua a través del cuerpo. El agua ingresa a través del incipiente órgano de sifón y se mueve a través del cuerpo a través del movimiento de los cilios. Las aguas residuales salen del cuerpo de mussel a través del sifón excurrente. Los alimentos se filtran fuera del agua y las palmas labiales lo pasan a la boca del mussel. Una comida de mussel consiste típicamente en fitoplancton, zooplancton y algas.
Las larvas de ciertos mejillones de agua dulce pasan una parte de sus vidas como una especie de parásito, viviendo en las branquias de un pez huésped. Esto no suele dañar al pez a menos que la carga larvaria sea extremadamente alta.
Los mejillones son indicadores importantes de la salud de una vía fluvial. Los mejillones también mantienen las vías de agua limpias de exceso de plancton y algas y pueden incluso filtrar algunas bacterias dañinas.
Los mejillones cebra son una especie de mejillón nativa de Europa oriental que es invasiva en muchas vías fluviales de América del Norte. Al igual que otros mejillones, los mejillones cebra son alimentadores de filtro. Habitan en vías de agua en cantidades tan grandes que sus poblaciones pueden filtrar todo el contenido de algunos lagos y estanques en un solo día, robando el sustento de las especies acuáticas nativas.
