El coyote come pelícanos, al igual que los gatos y los humanos. Mamíferos y aves más pequeñas, como mofetas, gaviotas y gatos salvajes, cazan pelícanos juveniles. Los humanos también son depredadores del pelícano, cazándolos por sus plumas y comiendo la carne.
Los pelícanos son un ave grande, lo que los hace presas más difíciles para la mayoría de los depredadores en su entorno natural. Debido a esto, la mayoría de los animales no los cazan. Sin embargo, un pelícano herido que no puede volar es una presa fácil para perros salvajes, gatos salvajes y mamíferos más grandes.
Junto con la caza de pelícanos, los humanos también han provocado la disminución de la población de pelícanos con pesticidas, como el DDT. Estos pesticidas hacen que los huevos de los pelícanos permanezcan infértiles o eclosionen. Algunas especies de pelícanos todavía están en peligro de extinción en América del Norte.
