Una gran diversidad de mamíferos, aves, peces, anfibios y reptiles se pueden encontrar en el Desierto de Simpson, según eoearth. El área tiene un mayor grado de biodiversidad que la mayoría de las regiones áridas australianas debido a su proximidad a grandes llanuras de inundación.
El desierto de Simpson puede soportar una gran variedad de vida silvestre debido a las frecuentes inundaciones. Las inundaciones se originan fuera del desierto, pero fluirán hacia la región. Las inundaciones tienden a ocurrir en intervalos de 2 a 3 años, lo que crea humedales temporales. Estos humedales son importantes lugares de reproducción para muchas especies de peces, así como un hogar para aves como el pelícano australiano, el cisne negro y la garceta.
Muchos animales que viven en el desierto de Simpson son nocturnos, aprovechando las bajas temperaturas en la noche; Para evitar el calor durante el día, se enterrarán bajo tierra. Algunos de estos animales nocturnos incluyen el bilby, el ratón oscuro y el patán peludo.