Los tomates rojos maduros se consideran un alimento seguro para los conejillos de indias, pero solo se debe alimentar a los conejillos de indias. Los tomates, hojas y tallos de tomates verdes contienen compuestos tóxicos que pueden enfermar a los conejillos de indias .
Los tomates verdes y otras partes verdes de la planta contienen tomatine y solanine. Tomatine es un alcaloide tóxico que también aparece en pequeñas cantidades en la fruta de tomate maduro, pero no tiene ningún efecto tóxico en niveles tan bajos. En las cantidades más altas presentes en las partes de la planta de tomate verde, puede causar enfermedades. La solanina es la misma toxina que se encuentra en las papas y otras plantas relacionadas con la sombra de la noche. La solanina es tan tóxica para los conejillos de indias que no se recomienda alimentarlos con cáscaras de papa. Los tomates maduros, especialmente las frutas pequeñas como los tomates cherry, no representan ningún peligro para los conejillos de indias y son una parte recomendada de su dieta.