Los cocodrilos de agua salada están en peligro de extinción debido a la pérdida de hábitat y las actividades humanas, como la caza ilegal y la caza furtiva. Los cocodrilos de agua salada tienen pocos depredadores naturales, pero atraen la atención de los humanos por su carne, huevos y piel. La competencia por el espacio con las comunidades humanas y su tendencia a atacar a las personas en sus territorios también hace que los cocodrilos de agua sala sean objetivos de muertes por humanos.
Los cocodrilos de agua salada prosperan en los océanos y mares del sudeste asiático, este de la India y partes de Australia. Los tamaños de la población y el estado en peligro varían entre los diferentes grupos. Las estimaciones ubican el tamaño de la población mundial entre 200,000 y 300,000 animales. A pesar de sus nombres, estas criaturas acuáticas habitan áreas de agua dulce además de las aguas saladas.
Como muchas otras especies de cocodrilos, las personas de todo el mundo exigen partes y productos de estos cocodrilos, especialmente de su piel. La caza ilegal sigue suponiendo un riesgo para los cocodrilos, especialmente los de Australia, a pesar de la implementación de la protección legal. Según el derecho internacional, los cocodrilos de agua salada gozan de protección a través de la clasificación en el Apéndice I o en el Apéndice II. Estas listas prohíben su recolección o permiten capturas limitadas.
La pérdida de hábitat, especialmente en Australia, también amenaza a las poblaciones de cocodrilos. Cada vez más pierden sus hábitats debido a la invasión humana y la alteración de las tierras, principalmente para las producciones agrícolas. Convertir las tierras en granjas perturba los criaderos y los criaderos de los cocodrilos, ya que esas áreas están dañadas por búfalos de agua y ganado.