Daniel Shays fue el líder simbólico de la Rebelión de Shays, que comenzó como una protesta de los granjeros de Massachusetts contra los altos impuestos y las sentencias de prisión para los deudores. Shays había sido un capitán en el ejército continental antes de la revolucion americana En el otoño de 1786, un grupo de manifestantes conocidos como los Reguladores forzaron el cierre de los tribunales locales en Springfield, Massachusetts.
Durante este evento, los reguladores también abrieron las prisiones y liberaron a muchos agricultores que habían sido sentenciados por no poder pagar sus deudas. Poco después de este evento, Daniel Shays se unió al grupo, que fue derrotado posteriormente por tropas de la milicia de Massachusetts en varias batallas pequeñas durante el invierno de 1786. Shays y muchos de los otros rebeldes huyeron a Rhode Island y finalmente a Vermont.
A lo largo de 1786 y 1787, la rebelión se extendió por Carolina del Sur, Maine, Connecticut, Nueva York y New Hampshire, pero en ninguna parte las protestas fueron tan fuertes como en Massachusetts. El gobernador de Massachusetts, James Bowdoin, organizó la milicia del estado y aplastó rápidamente la rebelión, que también se extinguió rápidamente en otros estados. La rebelión de Shays fue la primera rebelión seria después de la Revolución americana, aunque nunca afectó seriamente la estabilidad del país.