Los peregrinos en Plymouth Bay Colony eran calvinistas y puritanos separatistas, mientras que los puritanos en Massachusetts Bay Colony estaban decididos a reformar la Iglesia Anglicana desde adentro. Mientras que ambos eran protestantes y puritanos, tenían diferentes objetivos y creencias.
La mayoría de los puritanos querían purificar las prácticas de la iglesia anglicana, prefiriendo reformarla desde dentro para eliminar todas las manchas del culto católico. Muchos de estos puritanos comenzaron la Colonia de la Bahía de Massachusetts para construir su Ciudad en una colina, una iglesia que otros puritanos podrían ver como modelo. Sin embargo, los peregrinos habían determinado a finales del siglo XVI que la Iglesia Anglicana estaba más allá de la reforma. Por lo tanto, se habían separado por completo de la Iglesia, muchos de ellos se mudaron a Holanda antes de emigrar a las colonias americanas.
Si bien estas diferencias parecen menores, fue más fácil para los puritanos de Massachusetts obtener financiamiento y la aprobación y protección del trono británico que para los peregrinos. Además, los puritanos de Massachusetts eran en general un grupo más educado y más rico que los peregrinos, que eran en su mayoría artesanos y agricultores. Esto condujo, con el tiempo, a una mayor prosperidad y un crecimiento mucho más rápido para el área de Boston-Salem. En 1691, la aún pequeña colonia de Plymouth se fusionó con la de la Bahía de Massachusetts para formar la Provincia de la Bahía de Massachusetts.
