Desde su descubrimiento, en 1757, se han encontrado amebas que viven en casi todos los hábitats acuáticos imaginables. Son endémicas en agua dulce, agua salada, ríos, arroyos y arroyos. Algunas amebas se pueden encontrar en el rocío de la mañana, mientras que otras son parásitas y viven en los cuerpos de otros organismos.
Donde viven en cuerpos de agua en pie, las amebas tienden a reunirse cerca del fondo en o cerca del lodo. Esta afinidad por los sedimentos húmedos se traslada a las amebas terrestres, que prosperan en el suelo húmedo. Cuando su ambiente se seca o se vuelve hostil, muchas especies de amebas reaccionan formando un quiste e hibernando hasta que las condiciones mejoren.
