El funeral de Annette Funicello se llevó a cabo en Cherished Memories Memorial Chapel en Bakersfield, California. Fue una ceremonia privada. Algunas cuentas alegan que Funicello en realidad fue enterrado en Forest Lawn Memorial Park en Hollywood Hills, California, pero estos informes han sido impugnados.
Sra. Funicello tenía 70 años cuando falleció debido a complicaciones relacionadas con la esclerosis múltiple, una enfermedad en la que el sistema inmunológico corroe la cubierta protectora de los nervios. Funicello anunció públicamente su mala salud en 1992. Las señales que pueden haber indicado que Funicello comenzaba a sufrir de EM se notaron desde 1987, cuando Funicello experimentó mareos mientras trabajaba con el actor Frankie Avalon. Ella no abordó el asunto en ese momento.