En total, Japón tiene 6.852 islas. Sin embargo, esta definición solo incluye islas que tienen 100 metros de circunferencia o más; una definición menos restrictiva llevaría a un recuento mucho más alto, mientras que una más restrictiva conduciría a un recuento más bajo. Sólo 430 islas japonesas están habitadas.
La mayoría de las personas en Japón viven en cuatro islas: Hokkaido, Honshu, Shikoku y Kyushu. De estos, Honshu es el más grande y más poblado por un amplio margen; También es la séptima isla más grande del mundo, con una longitud total de 810 millas. Una de las islas más pequeñas de Japón, Aogashima, tenía una población de solo 205 personas en 2009, incluidos 25 estudiantes.