Las diferencias físicas entre los caimanes y los cocodrilos incluyen su color de piel, la forma de sus mandíbulas y la colocación de sus dientes. Otras diferencias incluyen su entorno y agresividad.
Los caimanes suelen tener una piel más oscura que los cocodrilos. Los caimanes tienen mandíbulas anchas y redondas con hocicos en forma de "U". Los cocodrilos tienen mandíbulas estrechas y puntiagudas con hocicos en forma de V. Las mandíbulas de cocodrilo son más poderosas que las mandíbulas de cocodrilo y les permiten comer presas con conchas duras, mientras que las mandíbulas de cocodrilo están diseñadas para una gama más amplia de presas. Los dientes inferiores del caimán no se pueden ver cuando su boca está cerrada porque su mandíbula superior es más ancha que su mandíbula inferior. Las mandíbulas superior e inferior del cocodrilo tienen el mismo tamaño, y su cuarto diente prominente en la mandíbula inferior encaja fuera de la mandíbula superior cuando su boca está cerrada. Los caimanes viven en hábitats de agua dulce, mientras que los cocodrilos viven en hábitats de agua salada porque una glándula en sus lenguas elimina la sal. Los caimanes salvajes solo viven en los Estados Unidos y China. Cocodrilos salvajes viven en todo el mundo. Los cocodrilos suelen ser más agresivos. Existen diferentes especies de caimanes y cocodrilos. Cada especie es única, por lo que hay algunas excepciones a estas diferencias comunes. Un ejemplo es el cocodrilo asaltante indio, que tiene una mandíbula ancha similar a un caimán, pero también tiene el cuarto diente prominente de un cocodrilo.