Las desventajas del modelo orientado a objetos incluyen la falta de familiaridad y la escasez de programadores experimentados, un consenso limitado sobre los estándares a utilizar, poca eficiencia cuando se trata de datos simples y la disponibilidad limitada de herramientas y asistencia adecuadas. La mayoría de las desventajas del modelo orientado a objetos se debe a su novedad en el mercado.
El modelo orientado a objetos es una práctica reciente, a partir de 2015, en comparación con el modelo de base de datos relacional más común. Esto le ha dado muy poco tiempo para madurar, lo que lleva a un número limitado de programadores y soporte con experiencia. El modelo orientado a objetos se centra en almacenar estructuras de datos complejas denominadas objetos. Esto lo hace menos eficiente cuando se usa en registros de datos simples con relaciones simples.
Otra desventaja de este modelo es que es difícil de implementar puramente. Esto es cierto porque los modelos orientados a objetos utilizan tipos de datos complejos a diferencia de los modelos relacionales, que involucran estructuras simples como tablas e índices relacionados. Las bases de datos relacionales son un producto de la teoría de conjuntos matemáticos, pero los modelos orientados a objetos carecen de una base matemática sólida.
A partir de 2015, los programadores se inclinan hacia modelos relacionales de objetos, que son híbridos de los dos. Estos ORM aumentan en popularidad a partir de 2015 ya que están respaldados por motores de bases de datos probados y probados, y también brindan oportunidades para mapear objetos.