El acceso limitado a la tecnología de calidad, la falta de conocimientos de informática, el aislamiento social y la necesidad de autodisciplina son desventajas o posibles problemas con los entornos de aprendizaje virtual. Los cursos en línea se basan en la tecnología informática y en Internet acceso, una persona sin estas capacidades tiene un desafío para el aprendizaje efectivo.
Si bien la programación flexible es un beneficio clave del aprendizaje en línea, la incapacidad de autogestionarse y regular el desempeño son desventajas para algunos. Los estudiantes que carecen de motivación y autodisciplina suelen tener más dificultades en un entorno de aprendizaje virtual que en un aula tradicional. No hay maestros y compañeros en condiciones de ofrecer recordatorios regulares sobre tareas, proyectos y pruebas. Los estudiantes deben controlar su ritmo y dedicar tiempo suficiente para completar las actividades de la clase y las tareas fuera de la clase.
La interacción limitada del instructor y el aislamiento de un grupo de aprendizaje también son desventajas. Los instructores generalmente intentan comunicarse a través del correo electrónico o la herramienta de aprendizaje virtual. Sin embargo, es más difícil garantizar una escucha y comprensión adecuadas desde la distancia. Además, toma más tiempo para la interacción y la retroalimentación a través de herramientas virtuales que en un intercambio tradicional cara a cara. El aislamiento social puede ser desafiante para los estudiantes que prosperan en la interacción diaria con sus compañeros y la comodidad informal que viene con un aula tradicional.