La terapia humanista se basa en la psicología humanista, que tiene desventajas que incluyen la falta de conocimientos concretos sobre tratamientos específicos, la incapacidad de ayudar a los pacientes que sufren problemas más graves y la dependencia de las generalizaciones, según AllPsych. Muchos optan por utilizar la terapia humanista como base para el cambio en los pacientes, aunque algunos encuentran que la terapia humanista no es suficiente como un tratamiento independiente.
La psicología humanista se basa en gran medida en la idea del libre albedrío de un paciente. Debido a esto, la terapia humanista generalmente no es efectiva en el desarrollo de técnicas de tratamiento específicas para los problemas específicos de un paciente. También es muy difícil evaluar la efectividad de la terapia humanista con el mismo rigor con el que se pueden evaluar otras técnicas terapéuticas.
La terapia humanista funciona mejor cuando se usa para tratar problemas menores relacionados con la patología o la personalidad de un paciente. Ofrece una grave desventaja cuando se usa para tratar algo tan grave y generalizado como la esquizofrenia.
Una desventaja importante de la terapia humanista es que se basa en muchas generalizaciones con respecto al comportamiento humano. Asume que todos son capaces de realizar acciones morales y que todas las personas están dispuestas a actuar de acuerdo con la jerarquía de necesidades de Maslow. La terapia humanística no tiene en cuenta a los individuos que actúan en contra de sus propios intereses. Esto pone a la terapia en desventaja en comparación con otras técnicas terapéuticas.