La desventaja más prominente de las especies seleccionadas artificialmente es que son muy susceptibles a las enfermedades. Dado que ciertos rasgos se crían para, la variación dentro de la especie disminuye considerablemente, lo que hace que se vuelvan muy sensibles a los cambios en el medio ambiente, incluidos los factores bióticos y abióticos.
La selección artificial también puede tener consecuencias imprevistas, como en el caso de las abejas de miel africanizadas, también conocidas como abejas asesinas. Mientras que las abejas fueron criadas para producir más miel, los rasgos que causaron un aumento en la agresividad también fueron pasados inadvertidamente. Esto ha provocado la muerte de varias personas a medida que las abejas se vuelven cada vez más defensivas.
Cría selectiva, otro término para selección artificial, también puede tener un efecto perjudicial sobre la especie, como se ve en la endogamia de perros para mantener la llamada pureza de ciertas razas. Algunas razas de perros tienen muchas complicaciones aparentemente inherentes, como la displasia de cadera y una vida más corta.
En otros casos, como el banano, la selección artificial ha producido híbridos que son muy susceptibles a la esterilidad. Esto significa que la especie no puede reproducirse en la naturaleza, lo que lo expone a un mayor riesgo de extinción, ya que una sola enfermedad podría eliminar de manera efectiva a toda la especie.
