La principal desventaja de la investigación primaria es el enorme costo que implica la recopilación de información. Del mismo modo, consume mucho tiempo ya que un investigador tiene que prepararse para el estudio, recopilar detalles y procesar la información en resultados coherentes y lógicos.
La investigación primaria es el proceso de recopilar nueva información sobre un determinado fenómeno en la sociedad. Los gastos de investigación primaria incluyen el costo de la papelería, materiales de impresión, transporte, alojamiento y asistentes de investigación compensadores. La realización de un censo es un ejemplo de investigación primaria que implica grandes costos y toma mucho tiempo.
En comparación con la investigación secundaria, donde una persona simplemente obtiene información investigada previamente, la investigación primaria consume mucho tiempo. Dado que los encuestados en la investigación primaria son muchos y variados, un investigador corre el riesgo de obtener resultados sesgados o inexactos. Sin embargo, este inconveniente puede eliminarse dirigiéndose a una audiencia muestreada.
Otra desventaja es el factor de tiempo. Como la investigación primaria lleva mucho tiempo, sus resultados pueden ser irrelevantes en el momento en que se procesan. Un método de investigación primaria es cuestionarios. Aquí, los encuestados pueden interpretar erróneamente las preguntas, lo que lleva a comentarios incorrectos o indeseables. Sin embargo, una gran ventaja de la investigación primaria es el hecho de que un investigador tiene la capacidad de recopilar información que antes no estaba disponible, era desconocida o debatible.