Las desventajas de la fertilización externa incluyen la dependencia del agua y la gran cantidad de esperma y huevos que nunca alcanzan un gameto correspondiente, incluso cuando los organismos que liberan los óvulos y el esperma están muy cerca. Además , los huevos liberados no pueden tener cáscaras, ya que estos detendrían el esperma.
La fertilización externa es utilizada solo por animales que se reproducen en el agua, ya que los espermatozoides necesitan agua para nadar hasta llegar a los huevos. Los animales que utilizan esta estrategia reproductiva incluyen la mayoría de los peces, la mayoría de los anfibios y muchos otros tipos de invertebrados acuáticos. Debido a la incertidumbre de la fertilización de cualquier óvulo en particular, los animales que usan la fertilización externa generalmente producen cantidades muy grandes de esperma y óvulos.
La fertilización externa también tiene ventajas sobre la fertilización interna. En la fertilización interna, un macho de una especie inserta directamente el esperma en una hembra, que luego nada en los fluidos que rodean el tracto reproductivo para llegar a los huevos. Esta es la estrategia comúnmente utilizada por los animales que se reproducen en tierra. Si bien este es un método más confiable en términos de la probabilidad de que cada óvulo se fertilice, es más complicado que la fertilización externa. Requiere una estrecha coordinación entre hombres y mujeres en términos de comportamiento y fisiología, lo que requiere controles hormonales extensos.
