Los bautistas y presbiterianos tienen puntos de vista diferentes sobre la práctica del bautismo. Los bautistas creen que la persona que se bautiza debe profesar su fe en Cristo antes de sumergirse en el agua, mientras que los presbiterianos creen que las personas deben ser rociadas con El agua como inmersión no es escritural. Los presbiterianos también creen que los bebés pueden ser bautizados, aunque no puedan expresar su fe. Los bautistas creen que las personas nacen en pecado, por lo que deben tener la edad suficiente para arrepentirse antes de ser bautizados.
Las iglesias presbiterianas permiten que las personas que no han sido bautizadas tomen la comunión, incluso si la persona no ha expresado ninguna fe. Los bautistas, por otro lado, solo permiten que las personas que se bautizan y tienen fe participen.
Los bautistas creen que cada iglesia es independiente, mientras que las iglesias presbiterianas deben responder a los cuerpos legislativos y judiciales de la iglesia. Los miembros de las congregaciones presbiterianas pueden apelar al Presbiterio si están preocupados por la mala gestión o por cualquier otro problema, mientras que las iglesias bautistas no tienen esta disposición.
Los sacerdotes presbiterianos deben tener un título universitario u otra prueba de educación antes de que puedan ser ordenados. El Presbiterio también verifica el conocimiento del sacerdote de hebreo y griego, junto con la filosofía, la ética y el gobierno de la iglesia. Los bautistas creen que una persona no requiere un curso de estudio para convertirse en sacerdote; en cambio, creen que Dios llama a los hombres al ministerio y que todo lo que se requiere es el conocimiento del evangelio y el deseo de salvar almas.
