El tiempo de James Madison en el cargo político vio algunos fracasos, incluida la incapacidad de comprar el oeste de Florida a los españoles, causando disturbios y restricciones disruptivas a través de una serie de actos, no logrando ganar territorio canadiense de la Guerra de 1812 y dos fallidos Enmiendas a la Constitución de los Estados Unidos. Madison fue elegido como secretario de estado el 5 de marzo de 1801 por el presidente Thomas Jefferson y se convirtió en presidente en 1809, con dos mandatos.
Madison propuso 12 enmiendas a la Constitución cuando se desempeñó en la Cámara de Representantes en 1789. Diez de ellas fueron ratificadas por los estados pero, desafortunadamente, las dos primeras no lo fueron. El primero de ellos estaba relacionado con el reparto de los miembros de la Cámara de Representantes. pero la votación no alcanzó lo que se necesitaba para hacerla ley. La segunda enmienda se refería a que el Congreso no podía emitir un aumento de sueldo. Un descubrimiento inesperado por un estudiante universitario en 1982 resaltó que la enmienda no tenía fecha de vencimiento y ahora es la Enmienda 27 de la Constitución. Las 10 Enmiendas de Madison que fueron ratificadas se convirtieron en la Carta de Derechos.
Madison colaboró con el presidente Jefferson en la compra de Louisiana en 1803, pero no pudieron asegurar el oeste de Florida en el trato. Madison finalmente pudo anexar el oeste de Florida por la fuerza durante su presidencia en 1810.
La Ley de Embargo de 1807 y la Ley de no relaciones sexuales de 1809 se encuentran entre los actos aprobados para ayudar a la economía de los Estados Unidos. Sin embargo, solo dieron lugar a la interrupción del comercio de los Estados Unidos y alentaron a los comerciantes de Estados Unidos a contrabandear. Las sanciones comerciales fueron promulgadas por los países europeos. La Ley Nº 2 de Macon se firmó en 1810 para detener estas interrupciones, pero mientras Francia aceptó los términos, Gran Bretaña no lo hizo. Madison declaró la guerra a los británicos en 1812.