La temperatura corporal normal para un conejillo de indias es entre 99 y 103 grados Fahrenheit, con una temperatura rectal promedio de 103 F, según la Escuela de Medicina Veterinaria de LSU. Los conejillos de Indias se desempeñan mejor a una temperatura ambiente similar a la temperatura ambiente cómoda para los humanos, a unos 70 grados Fahrenheit.
Los conejillos de indias son vulnerables al golpe de calor y toleran temperaturas más bajas mejor que temperaturas más altas. Las temperaturas exteriores superiores a 80 grados son riesgosas, incluso si el animal está confinado a la sombra. Debido a que son tan vulnerables al sobrecalentamiento, las jaulas de cobaya deben mantenerse fuera de la luz solar directa y deben ubicarse en un área con buena circulación de aire.