La diferencia entre un Chihuahua con cabeza de pera y un Chihuahua con cabeza de manzana es la forma del cráneo. Un Chihuahua con cabeza de manzana tiene un cráneo redondo y abovedado que recuerda a una manzana. La forma de cabeza de pera, o ciervo, es más plana en la parte superior con un hocico más largo, que se parece más a una pera que a una manzana.
De acuerdo con la norma oficial del American Chihuahua Breed Club, el aspecto correcto de un Chihuahua es siempre la "cabeza de manzana". La cabeza del perro debe ser una forma redonda abovedada. Los genetistas creen que la forma de la manzana es el resultado de una combinación de mutaciones que causan braquicéfalo e hidrocefalia. La braquicefalia es una malformación del cráneo que hace que se "aplaste" por delante, lo que lleva a un hocico acortado. La hidrocefalia es una cantidad excesiva de líquido alrededor del cerebro, que puede causar serios problemas de salud. La forma de los ciervos parece ser algo braquicefálica, pero carece de la cúpula relacionada con la hidrocefalia. Los perros con cabeza de pera sufren menos problemas de salud y pueden ser más fáciles de entrenar en obediencia, tal vez porque no tienen hidrocefalia.
Según el American Chihuahua Breed Club, muchos chihuahuas sufren problemas de salud relacionados con la hidrocefalia. Los síntomas de la hidrocefalia obstructiva incluyen somnolencia, agresión, dificultad para entrenar en el hogar, marcha alterada y, en casos extremos, convulsiones. Sin embargo, si el Chihuahua tiene hidrocefalia no obstructiva, es posible que no haya signos clínicos aparentes.