La diferencia entre epistemología y ontología en parte es el tema que está siendo estudiado por cada uno. En ontología, se estudia el estudio del ser o la existencia y las preguntas sobre qué tipos de entidades existen. En epistemología, se estudia el estudio del conocimiento y cómo llegamos a saberlo y se cuestiona qué es el conocimiento y cómo es posible.
Tanto la ontología como la epistemología son ramas de la filosofía. La ontología es un tipo de metafísica. La epistemología a menudo involucra un debate entre el empirismo y el racionalismo, en el que el primero afirma que el conocimiento solo puede obtenerse a través de la experiencia, mientras que el segundo cree que el conocimiento puede adquirirse solo a través de la razón.
La ontología se ocupa de lo que es verdad y, por otro lado, la epistemología involucra los diferentes métodos para descubrir esa verdad. En otras palabras, la ontología es sobre la naturaleza de la realidad y la epistemología es sobre la relación entre el investigador u otra persona y esa realidad.
Muchas cuestiones tienen múltiples ontologías, a menudo conflictivas, o teorías sobre lo que es verdad, así como diversas epistemologías o formas de resolver las cosas. Por ejemplo, la ciencia y la religión tienen ontologías de oposición y epistemologías sobre la existencia de Dios y los orígenes del universo.