Se dice a menudo que Spider-Man no tiene una debilidad específica, o al menos ninguna que sea integral a la trama en el camino de la debilidad de Superman a la kryptonita. Según su perfil de personaje Marvel, El precognitivo sentido humano de la araña y las capacidades físicas sobrehumanas lo hacen virtualmente impermeable a los daños.
Sin embargo, el perfil del personaje de Spider-Man también afirma que puede sabotearse al anular cognitivamente estos reflejos autonómicos. En otras palabras, la falta de fe en sus propios instintos representaría una seria debilidad.
Su dependencia de sus instintos también podría considerarse una debilidad. Por ejemplo, cuando un resfriado común debilitó su sentido de la araña en "The Amazing Spider-Man # 39" (1966), el Duende Verde obtuvo una clara ventaja sobre él.
Como muchos superhéroes, Spider-Man también es vulnerable a la electricidad, así como a los lazos familiares o personales, como la mala salud de su tía May.