"El alquimista" sigue a un pastor andaluz llamado Santiago mientras viaja de España a las pirámides egipcias. En su camino, se encuentra con un alquimista y ellos viajan juntos para encontrar el tesoro que Santiago soñaba. Las pirámides.
Santiago consulta con un gitano y un anciano mágico que le dicen que haga el viaje. Le roban en Tánger pero encuentra trabajo con un comerciante de cristal. Santiago le enseña al amable comerciante cómo mejorar su negocio, y ambos se hacen ricos en un año. Santiago viaja en caravana a Egipto, donde conoce a un inglés que quiere ser alquimista. La caravana se refugia en la ciudad para evitar una guerra tribal en el desierto, y Santiago se encuentra y se enamora de Fátima.
Después de defender la ciudad de un ataque, el alquimista y Santiago eligen continuar la "Leyenda Personal" de Santiago para encontrar un tesoro en las pirámides, dejando a Fátima atrás. Son capturados y el alquimista le da a la tribu todo el dinero de Santiago y les dice que Santiago puede convertirse en viento. Después de tres días, Santiago le pide al viento y al sol que creen una tormenta de arena y él desaparece a la altura de la tormenta.
Santiago es asaltado nuevamente en las pirámides, y uno de los hombres dice que solía soñar con un tesoro en España. Santiago se da cuenta de que el sueño es el lugar del que vino y regresa y encuentra un gran tesoro. Regresa a la ciudad en el desierto y se reúne con Fátima.