Los caimanes se reproducen a través de la fertilización interna, se aparean por la noche y finalmente ponen de 35 a 50 huevos en un hoyo pequeño, que luego se cubre con un nido de vegetación en descomposición. Aproximadamente cinco veces más hembras nacen como varones después de una incubación de 65 días, con el sexo de la descendencia determinado por la temperatura en lugar de las diferencias genéticas. La madre guarda los huevos y los desentierra a medida que comienzan a incubar.
A pesar de su protección inicial por parte de los padres, los caimanes no proporcionan alimentos para sus crías y los abandonan rápidamente después de la eclosión, y alrededor del 80 por ciento se pierden por depredación muy temprano en sus vidas. Compensan esto al depositar una gran cantidad de huevos relativamente pequeños, por lo que algunos sobreviven a pesar de las grandes pérdidas.
Las hembras nacen más grandes que los machos, aunque los machos finalmente crecen. Hay muchas más caimanes femeninas que machos, y cada macho dominante se aparea con hasta 10 hembras diferentes en su territorio. Atrae a las mujeres con rugidos y retumbos, muchos de los cuales están por debajo del alcance de la audición humana y producen alteraciones obvias en el agua.
Los caimanes son similares en muchos aspectos a los cocodrilos estrechamente relacionados. Las principales diferencias son que los caimanes tienen hocicos más anchos, y solo sus dientes superiores están expuestos cuando sus bocas están cerradas.
