Las características físicas en las tortugas de caja maduras que pueden indicar el género son la forma del fondo de la cáscara, el grosor de la cola, la longitud de las garras, el color de los ojos y la ubicación del ano. La parte inferior de la cáscara normalmente está curvada hacia adentro en los machos y plana o curvada hacia afuera en las hembras.
La cola de una tortuga macho es generalmente más gruesa en la base que la de una hembra, y las garras delanteras y traseras también son más largas para los machos. Los machos también pueden tener un tinte anaranjado o rojo en sus ojos en comparación con las hembras cuyos ojos son generalmente marrones. Finalmente, el ano en las tortugas macho maduras se ubica más allá del borde de la concha, mientras que para las hembras normalmente está oculto.
Debido a que los órganos sexuales de las tortugas de caja se encuentran dentro de la concha, es extremadamente difícil decir el género de una tortuga muy joven. Una tortuga puede tardar hasta cuatro años en alcanzar la madurez sexual y luego otros 16 años antes de llegar a la edad adulta. La vida útil de una tortuga de caja es muy larga. Por ejemplo, la tortuga de caja oriental puede vivir hasta 40 años en libertad y 100 años o más en cautiverio.
