El guppy masculino extiende un tubo desde su gonopodium y lo inserta en el poro genital de la hembra durante la reproducción del guppy. Una vez que el macho inserta el tubo, eyacula el esperma en la hembra. El esperma se mezcla con una de las células del óvulo de la hembra para formar una nueva célula que eventualmente se convierte en un guppy bebé.
Las guppies hembras pueden aferrarse al esperma masculino hasta tres ciclos de desove. Esto significa que si los guppies se aparean y el macho es removido, la hembra todavía puede dar a luz hasta tres veces sin que se vuelva a aparear. Cada vez que la hembra da a luz, puede producir aproximadamente 20 a 200 bebés. El número exacto generalmente depende de su tamaño.
A medida que los bebés crecen, se unen a una yema que los nutre. El tiempo promedio de gestación de un guppy es de 28 días, pero las mujeres pueden tener períodos de gestación que van de 20 a 40 días. No es posible saber si una guppy hembra está embarazada simplemente buscando un crecimiento en el área de su vientre, pero es posible saberlo buscando un punto gravídico. Una mancha grave es una mancha oscura en el vientre del guppy femenino.