Los seres humanos afectan el ciclo del nitrógeno a través de actividades que aumentan la cantidad de nitrógeno que está biológicamente disponible en un ecosistema. Los principales culpables son la combustión de combustibles fósiles y la aplicación de fertilizantes a base de nitrógeno. La combustión de combustibles fósiles libera óxidos nítricos y se combina con otros elementos en el aire para formar smog y lluvia ácida.
La Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU. reimprimió un estudio realizado por Scott Fields que concluye que los humanos inyectan compuestos de nitrógeno en el aire en cantidades cada vez mayores, lo que provoca graves impactos en la biodiversidad, la salud humana, la calidad del agua, el calentamiento global y también la tasa de crecimiento de la población en las naciones en desarrollo.
La mayoría de los científicos están de acuerdo en que los humanos interrumpen el ciclo del nitrógeno al alterar la cantidad de nitrógeno almacenado en la biosfera. La quema de combustibles fósiles provoca un cambio en el almacenamiento de carbono, lo que afecta el ciclo del nitrógeno y otros procesos vitales. Agrega nitrógeno a los ecosistemas terrestres y provoca un desequilibrio de nutrientes en los árboles, una disminución de la biodiversidad y cambios en la salud de los bosques.
Por otra parte, los sistemas agrícolas utilizan fertilizantes para mejorar la producción vegetal. El nitrógeno no utilizado, generalmente en forma de nitrato, tiende a entrar en los ríos y arroyos y, finalmente, alcanzar el agua potable de las personas. También ingresa a los sistemas marinos costeros cerca de la costa y causa anoxia, lo que significa que no hay oxígeno, y la hipoxia, lo que significa bajo nivel de oxígeno. Altera la biodiversidad, degrada el hábitat y cambia la estructura de la red alimentaria.
Un aumento en la disponibilidad de nitrógeno generalmente limita la productividad de los sistemas terrestres y acuáticos. Debido a las actividades humanas, la fijación de nitrógeno industrial ha aumentado exponencialmente con los años.