El cuerpo de agua más famoso de Boliva es el Lago ("Lago" en español) Titicaca, el lago más grande de Sudamérica y el lago navegable más alto de la Tierra. Otros lagos en la cuenca del Altiplano incluyen Poopó, Salar de Coipasa, Salar de Uyuni y Uru Uru. Los lagos en la cuenca del altiplano van desde salobre a salado. Los lagos de agua dulce en las tierras bajas incluyen Huaytunas, Rogaguado, Rogagua, Guachuna y El Océano.
El río más notable de Bolivia es el Amazonas. Otros ríos grandes en la cuenca del Amazonas incluyen Madiera, Beni, Madre de Dios, Mamoré, Yata, Iténez (también conocido como Guaporé), Itonmas (también conocido como San Miguel, San Julián o San Pablo), Río Blanco (también conocido como Baures o Agua Caliente), San Martín, Río Grande (también conocido como Guapay) y Acre. La cuenca del Plata contiene los ríos Paraguay, Bermejo y Pilcomayo.
El Sol de Mañana es un géiser en el departamento de Potosí, en el sudoeste de Bolivia. El Estrecho de Tiquina es el canal que conecta las dos mitades del Lago Titicaca, el Lago Chicuito más grande y el Lago Pequeno más pequeño.
Bolivia no tiene salida al mar y no se conecta con el mar en ninguna dirección, aunque el Lago Titicaca es lo suficientemente grande como para tener un efecto mitigador en el clima circundante.