Los combustibles utilizados en las ollas de fondue incluyen butano, alcohol etílico, alcohol isopropílico, velas y combustible de gel. Los usuarios deben leer las instrucciones del fabricante que vienen con la olla de fondue para determinar los mejores combustibles para ese particular modelo.
Los combustibles líquidos, como el alcohol y el butano, crean una llama más caliente que los geles y las velas. Las opciones de combustible líquido deben usarse para recetas de fondue que contengan carne y productos lácteos para garantizar la seguridad alimentaria.
Las velas y las luces de té a veces se usan en ollas para fondue a baja temperatura para fondue de chocolate y otros postres. La vela mantiene el líquido caliente y se puede verter.
Para algunas ollas de fondue, como las fabricadas por Le Creuset, se utilizan paquetes de gel para calentar la olla. Estos paquetes de gel duran una o dos recetas, después de lo cual deben ser reemplazados.