La fermentación sumergida es un método de fabricación de biomoléculas en el que las enzimas y otros compuestos reactivos se sumergen en un líquido como el alcohol, el aceite o un caldo de nutrientes. El proceso se utiliza para una variedad de propósitos. Sobre todo en la fabricación industrial.
La fermentación sumergida tiene lugar en tanques grandes que se llenan de líquido y luego se siembran con microorganismos que desencadenan el proceso de fermentación. La fermentación generalmente toma varios días para completarse, y un flujo constante de oxígeno debe circular a través de los tanques todo el tiempo. Otras variables que afectan la fermentación sumergida incluyen el nivel de pH del líquido, la temperatura y la fuerza iónica.