Las bacterias ocupan su propio dominio de la vida. El dominio Eubacteria es tremendamente diverso y abarca no menos de 30 filos distintos, de acuerdo con el esquema de clasificación LSPN. Debido al entusiasmo con el que las bacterias intercambian genes a través de barreras de especies a través de transferencias de genes laterales, es difícil establecer con certeza las clasificaciones firmes según el linaje.
Los taxónomos dividen la vida en subórdenes principales, principalmente dominio, reino, filo y clase. Las bacterias pertenecen al dominio Eubacteria, que es uno de los tres dominios de la vida en la Tierra. Según Wikipedia, la antigua designación para bacterias, Prokaryota, se puede usar solo para distinguir bacterias y arqueas de las plantas, animales y hongos de Eukaryota y, por lo tanto, tiene un valor limitado. Dentro de las Eubacterias, los organismos se agrupan en grupos y clases, aunque estos niveles de clasificación se desarrollaron para los eucariotas y no pueden tener en cuenta la frecuencia con la que las bacterias intercambian material genético.
Las líneas tradicionales de filogenia comienzan a descomponerse a niveles por debajo de la clase, ya que las "especies" bacterianas rara vez existen en el aislamiento genético, señala Wikipedia. La clasificación de nivel inferior se convierte así en una cuestión de opinión, ya que la regla de similitud mayoritaria para identificar una especie bacteriana, si se aplica a los mamíferos, agruparía a humanos, monos y monos como una "especie".
