Numerosas especies de hongos pueden afectar a los árboles de hoja perenne, la mayoría de los cuales requieren sus propios métodos únicos de tratamiento y control. Algunos de los problemas y enfermedades más comunes causados por los hongos de hoja perenne incluyen la podredumbre de la raíz, cancros, agujas y herrumbre.
Los piojos fúngicos son uno de los tipos más comunes de enfermedades de hoja perenne, que son causadas por una infección interna de cualquiera de varias especies diferentes de hongos. Estos cancros son áreas de corteza muerta que generalmente son visibles debido a la resina blanca y pegajosa que se escapa de ellos. El hongo causa la muerte de la corteza, lo que hace que el área circundante muera y pierda sus agujas, comúnmente conocida como enfermedad de la yema de agujas. Esta enfermedad solo afecta a los árboles que están estresados por otros factores ambientales y, por lo general, se puede tratar mediante la aireación y la fertilización del área alrededor del árbol.Si el árbol tiene un hongo del tipo óxido o tizón, el único método de tratamiento efectivo es rociarlo con un fungicida aprobado. Si el árbol sufre de un hongo de la pudrición de la raíz, es probable que esté relacionado con un drenaje inadecuado del suelo. El fungicida puede ayudar en este caso, pero primero es necesario resolver el problema del exceso de agua para evitar que la infección regrese.