En "City of Glass" se exploran varios temas, entre los que se incluyen la homosexualidad, el amor, el cristianismo, las figuras de autoridad y otras creencias religiosas. El prejuicio también es un tema importante en el libro. Los "cazadores de sombras", por ejemplo, sospechan de ciertos grupos de personas, incluidos los vampiros que pueden tolerar la luz solar.
El amor es uno de los temas más importantes de "City of Glass". La historia se centra en el viaje de Clary para rescatar a su madre. Es ilegal que Clary ingrese a la ciudad donde su madre está encarcelada, por lo que este es un viaje peligroso que requiere un sacrificio significativo.
También hay una serie de relaciones románticas entre los personajes a lo largo del libro. Uno de los vampiros principales del libro, Rafael, usa el sistema de creencias del cristianismo para convencer al resto de su familia de que no es un vampiro. Al visitar una iglesia con regularidad y llevar una cruz, logra evitar la detección. Otros sistemas de creencias también se mencionan en el libro, incluyendo la Estrella de David y el Sello de Salomón.
La homosexualidad es un tema que cobra importancia cuando la protagonista, Clary, ve a un personaje femenino besar a otra chica. Dos personajes masculinos también están involucrados en un argumento secundario homosexual en el libro. Además, la blasfemia es común en "Ciudad de cristal".
