Los principales ríos que fluyen en Alemania son el Rin, el Danubio y el Elba. La mayoría de las ciudades alemanas se construyeron en las orillas de estos ríos. Otros ríos notables incluyen el Weser, Spree, Oder, Moselle, Main, Lech, Lahn, Isr, Havel y Ems.
El Rin es el río más largo de Alemania y el 12º más largo de Europa. Comienza en el sureste de los Alpes suizos y forma parte de la frontera franco-alemana antes de atravesar Alemania y finalmente desembocar en el Mar del Norte a través de los Países Bajos. Tiene aproximadamente 820 millas de largo y tiene varias sucursales y afluentes a lo largo de su trayectoria.
El Danubio surge de la Selva Negra en la ciudad de Donaueschingen. Luego fluye hacia el sureste, pasando por cuatro ciudades capitales en Europa Central antes de desembocar en el Mar Negro a través del Delta del Danubio en Ucrania y Rumania. El río Danubio toca o pasa a través de las fronteras de 10 países: Hungría, Serbia, Austria, Alemania, Bulgaria, Eslovaquia, Rumania, Croacia, Moldavia y Ucrania. Su cuenca de drenaje se extiende a nueve países más.
El Elba se levanta en la cordillera de Krkonose en el norte de la República Checa antes de viajar a través de Bohemia, luego Alemania y desembocar en el Mar del Norte. Sus principales afluentes incluyen los ríos Ohre, Schwarze Elster, Mulde, Havel, Saale y Vltava. La cuenca del río Elba es la cuarta más grande de Europa, y está habitada por unos 24,5 millones de personas.