Los ríos dominantes en Alemania son el Oder, el Danubio, el Rin, el Weser y el Elba. Todos estos cursos de agua desembocan en los mares Báltico, Negro o del Norte.
El Oder desemboca en el mar Báltico. Originada en la República Checa, se va formando 116 millas de la frontera de Alemania con Polonia. Históricamente, el Oder fue una ruta comercial clave en la región.
Vaciar en el Mar Negro es el Danubio, el segundo río más largo de Europa. El Danubio comienza en el Bosque Negro de Alemania y fluye a través de los estados de Baden-Wurttemberg y Baviera. Mientras se encuentra en Baviera, el Danubio pasa por la ciudad más antigua en su ruta: Ratisbona. Ratensburg fue fundada formalmente en 179 A.D. por Marcus Aurelius, pero un fuerte romano en el sitio data de 90 A.D.
Los ríos Rhine, Weser y Elbe desembocan en el Mar del Norte. El río Weser es el único de los tres que se encuentra totalmente dentro de la nación de Alemania. El Rin, o Rhein en el idioma alemán, es una de las regiones vitivinícolas más importantes de Alemania. El valle del Rin es una importante región en crecimiento para gran parte del vino Riesling de Alemania. Una de las ciudades más famosas a lo largo de la parte alemana del Elba es Dresde, el sitio de un polémico bombardeo de las fuerzas aliadas durante la Segunda Guerra Mundial.