Los principales ríos de Madagascar incluyen los ríos Betsiboka, Tsiribihina, Mangoky y Onilahy, todos los cuales comienzan en las tierras altas del este y fluyen hacia el oeste hacia el Canal de Mozambique. Muchos de estos ríos fluyen a través de valles fértiles y suministran gran parte del riego de la isla para los cultivos. El río más largo de Madagascar es el Betsiboka, que fluye al este de Antananarivo, la capital y ciudad más grande.
El río Betsiboka se inunda regularmente en el puerto de Mahajanga en la costa norte de Madgascar. Debido a un siglo de deforestación extensa y fuertes lluvias a principios de la década de 2000, el estuario de Betsiboka sufrió una erosión masiva. El limo rojo se llevaba desde las montañas y laderas hasta la costa con lluvias tropicales. La erosión se intensificó cuando el ciclón tropical Gafilo golpeó Madagascar en 2004. Las embarcaciones oceánicas alguna vez pudieron viajar hasta la Betsiboka, pero ahora grandes cantidades de limo impiden que grandes embarcaciones viajen río arriba.
Los ríos occidentales de Madagascar corren más lentamente y se extienden entre varios valles fluviales. Los ríos de la costa este viajan rápidamente desde las tierras altas hasta el océano Índico. Varios ríos del este cuentan con cascadas que fluyen hacia el océano Índico.
Los ríos grandes, como Betsiboka, Ikopa y Mangoky, drenan varios cientos de miles de kilómetros cuadrados de cuenca. Estas cuencas son responsables de los principales cultivos, los árboles de mangle y los bosques tropicales.
