Los principales ríos de Filipinas son el río Cagayan, Rio Grande de Mindanao y el río Agusan. El país tiene un total de 421 ríos, pero los científicos consideran que 50 de ellos están biológicamente muertos.
El río más largo de Filipinas es el río Cagayan. Tiene 314 millas de largo y se encuentra en la isla de Luzón, que se encuentra en la sección norte del país. El río Cagayan es propenso a las inundaciones, especialmente durante las fuertes lluvias. El río Cagayan fluye desde las montañas Caraballo hasta el canal Babuyan. El segundo río más grande es el Río Grande de Mindanao, que se encuentra en la parte sur de Filipinas en la isla de Mindanao. Los lugareños usan el río para transportar productos agrícolas, así como madera. El Río Grande de Mindanao comienza en las montañas Impasug-ong y termina en el Golfo Moro. En el este se encuentra el río Agusan, que comienza en el valle de Compostela y desemboca en la bahía de Bután. Es el tercer río más grande de Filipinas. Mucha turba y sagú se encuentran en y cerca de este río y es el hogar de patos migratorios, que también viven en los lagos adyacentes. El Agusan es propenso a las inundaciones repentinas durante los períodos de fuertes lluvias.
