El pueblo de Séneca tiene varias creencias y prácticas religiosas tradicionales. Hay una creencia en un "Titular de la Tierra" y otros elementos y fuerzas naturales. Históricamente, la gente celebraba festivales en honor a las fresas y la savia del arce. También celebraron una celebración en el invierno para dar gracias y practicar el perdón. La gente creía que la enfermedad era el resultado de influencias espirituales, y los chamanes usaban hasta 200 hierbas para tratar y curar a los enfermos.
En los tiempos contemporáneos, muchas personas de Séneca siguen la religión de Longhouse, el catolicismo y otras denominaciones cristianas. The Longhouse Religion comenzó como un movimiento religioso llamado "El Código del Lago Hermoso". Handsome Lake es el nombre de un profeta de Séneca que comenzó la religión en 1799. La religión combina algunas creencias tradicionales iroquesas con elementos de cuáquero y cristianismo.
Los predicadores en la religión recitan la revelación de Handsome Lake dos veces por año. La recitación completa lleva tres mañanas. Esto ocurre antes del amanecer. El predicador se para en una chimenea y canta una canción del sol para el buen tiempo. Durante la recitación, los congregantes se sientan en bancos y las mujeres se cubren la cabeza con chales.
El ambiente se asemeja a una reunión de renacimiento cristiano. La atmósfera emocional se vuelve contagiosa y mueve a las personas a declarar públicamente su lealtad a la religión.
