Algunos de los temas centrales o morales de "Agujeros" del autor Louis Sachar incluyen el destino y el determinismo, la amistad y sus ventajas, la importancia de la historia en la vida cotidiana y la crueldad. Según el autor, nunca fue su intención escribir una historia sombría o aterradora; sin embargo, muchos lectores lo han encontrado así.
De los temas moralistas, la naturaleza mutuamente beneficiosa de la amistad es una de las más evidentes. El vínculo entre Stanley, el protagonista y Zero finalmente conduce a sus dos supervivencias, por no mencionar que se enriquecen.
Las exploraciones de los efectos destructivos de la crueldad, que también son las partes de la historia que muchos lectores han considerado sombrías, incluyen el castigo arbitrario de Stanley por parte de Mr. Sir por su propio maltrato a manos del alcaide.
