Algunas diferencias entre la ELCA y el Sínodo de Missouri son su comprensión de la interpretación bíblica, el papel de la mujer en el ministerio y la creencia y práctica sacramental. Si bien ambas denominaciones comparten una herencia luterana, estas diferencias tienen Condujo a una mayor división entre ellos.
La Iglesia Evangélica Luterana y la Iglesia Luterana del Sínodo de Missouri nunca han sido un cuerpo unido, ya que la LCMS nunca formó parte de las organizaciones que se fusionaron para formar la ELCA. Las diferencias entre los dos cuerpos comenzaron a surgir en la década de 1970, y ambas iglesias respondieron de manera diferente a los cambios radicales que tenían lugar en la sociedad en ese momento.
Aunque ambas iglesias comparten credos y confesiones comunes, difieren en su comprensión de la interpretación bíblica. La ELCA abarca la erudición histórico-crítica de la Biblia que conduce a una variedad de interpretaciones que la ELCA permite. La LCMS es más escéptica de ciertas formas de erudición crítica, creyendo que socavan la autoridad bíblica.
A principios de la década de 1970, la ELCA comenzó el proceso de ordenar a las mujeres al liderazgo pastoral. Hoy en día, hay mujeres que sirven en el ministerio ordenado en todos los niveles de la IELA, mientras que la LCMS cree que la Biblia solo permite que los hombres sirvan como pastores.
La LCMS solo permite que los miembros de las parroquias LCMS en buena situación reciban la Comunión en sus servicios. La ELCA permite que cualquier cristiano bautizado reciba en una iglesia de la ELCA y tiene acuerdos de plena comunión con otras denominaciones protestantes.