Las desventajas del Proyecto Genoma Humano, o HGP, incluyen la cantidad de riesgos involucrados en los procedimientos y la discriminación contra rasgos específicos. Este proyecto también plantea problemas de moralidad para todas las personas que reciben el tratamiento.
Los futuros padres, en algún momento, podrían elegir los rasgos que tendrán sus hijos. El temperamento y la personalidad, la estatura y el tipo de cuerpo pueden determinarse y hasta que la ciencia esté segura de los efectos secundarios, pueden surgir problemas de salud en aquellas personas cuyo ADN se ha secuenciado específicamente. Otra desventaja para el HGP es la posibilidad de que se utilice como un tipo de discriminación racial.