El cocodrilo se adapta a su entorno confiando en su piel camuflada, la posición de sus ojos y fosas nasales, la capacidad de sus oídos para cerrarse y sus órganos especializados. Tanto los pulmones como el corazón del caimán están adaptado a largos períodos de tiempo sumergido en el agua.
Una de las adaptaciones de cocodrilo para su entorno reside en los pulmones y el corazón especializados que le permiten permanecer sumergido de forma segura en el agua. Los pulmones están protegidos por una estructura que evita que el agua entre en ellos, incluso cuando la boca está abierta. El corazón puede separar la sangre oxigenada y la desoxigenada y enviar la sangre rica en oxígeno al cerebro para que el caimán pueda permanecer bajo el agua durante largos períodos de tiempo.
Los ojos, la nariz y las orejas del caimán también se adaptan a su ambiente acuoso. Tanto sus fosas nasales como sus ojos están ubicados en la parte superior de su cabeza, de modo que puede permanecer casi completamente sumergido y todavía respirar a través de las fosas nasales. Cuando los ojos están sumergidos, una membrana los protege y permite que el caimán los vea.
Otra adaptación es la piel del caimán. La coloración gris y las perillas y protuberancias en su cuerpo le permiten mezclarse con su entorno, a menudo le dan al caimán la apariencia de un tronco y le permiten acercarse sigilosamente a la presa.