La geografía de New Hampshire colonial era una variedad de colinas, montañas, costa baja y mesetas. Las montañas estaban cubiertas de árboles, y el suelo en otras áreas era tan rocoso y pobre que hizo La zona difícil de cultivar. Los ríos Merrimack y Piscataqua formaron los límites de la colonia.
La geografía y el clima de la New Hampshire colonial dificultaron la agricultura. Era la más fría de las colonias, con veranos cortos y suaves e inviernos largos. Aun así, los colonos pudieron cultivar maíz, calabazas, frijoles, centeno y calabazas. Debido a que la colonia era costera, los colonos pescaron mucho y pudieron intercambiar peces y madera de sus bosques a otras colonias por frutas y verduras.
