Los Mega Bloks generalmente son totalmente compatibles con LEGO. Los Mini Mega Bloks son compatibles con los bloques estándar y Duplo de LEGO y sus bloques maxi son compatibles con Duplo.
Aunque son compatibles, algunas críticas indican que Mega Bloks es una marca de menor calidad en comparación con LEGO. Debido a la menor calidad, las inconsistencias están presentes en los postes y agujeros Mega Bloks que no siempre permiten una compatibilidad adecuada con LEGO. La compatibilidad funciona mejor cuando los ladrillos se colocan en capas directamente uno encima del otro en oposición a los modelos construidos en 3D. LEGO se considera un producto más duradero, pero los Mega Bloks son mucho menos costosos.
