A partir de octubre de 2015, Target, Lego Store y Toys R Us venden juegos de Lego Ninjago. Los juegos de Ninjago disponibles en las tiendas van desde juegos pequeños de una sola figura hasta conjuntos grandes y complejos con muchas figuras para construir.
Todos los juegos de Ninjago incluyen personajes ninja de la serie Lego Ninja retirados y un ambiente moderno en comparación con la temática del Japón feudal de Ninja, incluidos elementos contemporáneos como los vehículos. Los jugadores y los coleccionistas utilizan los juegos de Lego para crear configuraciones basadas en la serie de televisión y videojuegos de Lego Ninjago.
Los conjuntos disponibles incluyen "Templo de Airjitzu", "Vuelo final de Destiny's Bounty" y "Ataque del dragón de Morro". El conjunto "Templo" incluye el edificio del templo del mismo nombre con elementos arquitectónicos japoneses tradicionales, el Taller del Herrero y el Mercado de contrabandistas con 12 figuras de personajes de Ninjago y armamento de acompañamiento.
El conjunto "Vuelo Final" incluye las aeronaves Destiny's Bounty y Ghost Dragon, junto con nueve figuras de personajes y una figura de Soul Archer con armadura fantasma y armas. "El ataque del Dragón Moro" presenta una aeronave de dragón de un solo jinete con una silla de montar con temática de fantasmas y seis figuras. También incluye la Tumba del Primer Maestro de Spinjitzu con un cristal de reino y varias armas, incluyendo katanas y espadas, así como aviones de reacción para la batalla en el aire.